Prezado Robson,
Existem alguns produtos que são tributados de forma diferenciada. Alguns desses produtos são os medicamentos de uso humano. Para os medicamentos são classificados da seguinte forma:
Lista Positiva: São produtos que outorga do crédito presumido previsto no artigo 3º da Lei Federal nº 10.147/2000;
Ou seja, o PIS e a COFINS são recolhidos na indústria que usufrui desse beneficio.
Lista Negativa: produtos sujeitos ao regime de tributação previsto no artigo 1º, I, da Lei Federal nº 10.147/2000;
Ou seja, o PIS e a COFINS são recolhidos na indústria
Considerando que os produtos classificados nas posições acima citadas, são pagos na indústria, nas próximas operações de vendas realizadas por farmácias ou distribuidoras, não serão devidos o recolhimento do PIS e da COFINS.
Tendo em vista que na seu caso foi recolhido alguns impostos que não são devidos, podem sim ser compensados, como pagamento indevido, regulamentado pela IN RFB nº. 900 de 30 de dezembro de 2008.
Espero ter contribuído.