BOA TARDE!
Você pode entrar com um pedido de restituição, seria melhor você ir até a receita para que eles te auxiliassem a como proceder no seu caso. Mas saiba esse processo DEMORA e muito. Não sei se em toda regiãos demora, mas eu tive casos de demorou mais de 02 anos para receber a restituição.
A outra ALTERNATIVA, que particularmente aconselho no seu caso, você pode pegar esse valor que foi pago indevido e transferir para a sua empresa, pois dessa forma você pode ir abatendo mensalmente na GPS da folha de pagamento.
Procedimento; Prencha o formulario ajuste de guia no link abaixo;
http://www.receita.fazenda.gov.br/publico/formularios/fomretificgps.doc
E faça a alteração do campo 05 (Indentificador) ou seja do CNPJ da empresa prestadora para o CNPJ da sua empresa.
No campo 6 deve ter a assinatura da empresa que teve o recolhimento indevido, e no campo 7 o da sua empresa.
Leve a GPS recolhida e a sefip (re), contrato social, na agencia da receita federal, a a transferencia de recolhimento se não for feito na hora (aqui é no mesmo dia) é em alguns dias uteis.