Bom dia André,
As legislações citadas por Você, referem-se a dois momentos distintos, quais sejam:
No Artigo 9, trata do registro da constituição, alteração e baixa, onde não sera exigida das ME ou EPP, prova de quitação, regularidade ou inexistência de débito referente a tributo ou contribuição de qualquer natureza, para registro destes atos.
Art. 9º O registro dos atos constitutivos, de suas alterações e extinções (baixas), referentes a empresários e pessoas jurídicas em qualquer órgão envolvido no registro empresarial e na abertura da empresa, dos 3 (três) âmbitos de governo, ocorrerá independentemente da regularidade de obrigações tributárias, previdenciárias ou trabalhistas, principais ou acessórias, do empresário, da sociedade, dos sócios, dos administradores ou de empresas de que participem, sem prejuízo das responsabilidades do empresário, dos sócios ou dos administradores por tais obrigações, apuradas antes ou após o ato de extinção.
§ 1º O arquivamento, nos órgãos de registro, dos atos constitutivos de empresários, de sociedades empresárias e de demais equiparados que se enquadrarem como microempresa ou empresa de pequeno porte bem como o arquivamento de suas alterações são dispensados das seguintes exigências:
I - certidão de inexistência de condenação criminal, que será substituída por declaração do titular ou administrador, firmada sob as penas da lei, de não estar impedido de exercer atividade mercantil ou a administração de sociedade, em virtude de condenação criminal;
II - prova de quitação, regularidade ou inexistência de débito referente a tributo ou contribuição de qualquer natureza.
Já o Artigo 17, trata das vedações ao ingresso no Simples Nacional, ou seja, recolher os impostos/contribuições, abrangidos no Simples Nacional.
Seção II
Das Vedações ao Ingresso no Simples Nacional
Art. 17. Não poderão recolher os impostos e contribuições na forma do Simples Nacional a microempresa ou a empresa de pequeno porte:
V - que possua débito com o Instituto Nacional do Seguro Social - INSS, ou com as Fazendas Públicas Federal, Estadual ou Municipal, cuja exigibilidade não esteja suspensa;
A Lei Complmentar 123/2006, além de instituir o regime de recolhimento pelo Simples Nacional, concede outros benefícios as ME e EPP, neste sentido, uma empresa enquadrada na condição de ME ou EPP, pode se beneficiar de outros tratamentos diferenciados as ME e EPP e não recolher os impostos/contribuições pelo regime do Simples Nacional.
Exemplo:
Uma determinada empresa pode ter seu regime de tributação pelo Lucro Presumido e atendendo as disposições contidas nesta legislação, ser enquadrada como ME ou EPP e neste caso, poderá se beneficiar de outros tratamentos diferenciados, destinados a esta categoria de empresas.