Thiago,
Ver a seguir, Parágrafo 3 do Artigo 3 da IN RFB 944/2009:
Art. 3º A procuração emitida por meio do aplicativo referido no art. 2º deverá ser impressa e assinada perante servidor da RFB: ( Redação dada pela Instrução Normativa RFB nº 1.146, de 6 de abril de 2011 )
I - pelo responsável da empresa perante o Cadastro Nacional da Pessoa Jurídica (CNPJ) , no caso de Pessoa Jurídica; ( Redação dada pela Instrução Normativa RFB nº 1.146, de 6 de abril de 2011 )
II - pelo próprio contribuinte, no caso de Pessoa Física; ou ( Redação dada pela Instrução Normativa RFB nº 1.146, de 6 de abril de 2011 )
III - por procurador constituído por procuração pública específica com poderes próprios para a realização da outorga de que trata o art. 1º.( Redação dada pela Instrução Normativa RFB nº 1.146, de 6 de abril de 2011 )
§ 1º Na impossibilidade de comparecimento do outorgante perante servidor da RFB, será aceita a procuração com firma reconhecida em cartório. ( Redação dada pela Instrução Normativa RFB nº 1.146, de 6 de abril de 2011 )
§ 2º Para produzir efeitos junto ao e-CAC, observado o disposto no caput, a procuração deverá ser incluída no Sistema de Procurações Eletrônicas do e-CAC, mediante validação a ser efetuada em uma unidade de atendimento da RFB, no prazo de 30 (trinta) dias contados da data de sua emissão. ( Redação dada pela Instrução Normativa RFB nº 1.146, de 6 de abril de 2011 )
§ 3º Para validação, deverão ser entregues a procuração original e cópias autenticadas dos documentos de identificação do outorgante, do outorgado e do procurador de que trata o inciso III do caput, sendo que a autenticação das cópias também poderá ser efetuada pela própria unidade de atendimento da RFB, mediante apresentação dos documentos originais. ( Redação dada pela Instrução Normativa RFB nº 1.146, de 6 de abril de 2011 )
§ 4º Para fins de auditoria, os documentos apresentados deverão ser arquivados na unidade de atendimento onde foram validados. ( Incluído pela Instrução Normativa RFB nº 1.146, de 6 de abril de 2011 )
Assim sendo, apesar da legislação não ser clara, entendo que deva entregar na unidade da Receita Federal da jurisdição da empresa.