Eduardo,
Art. 25. A ME ou EPP optante pelo Simples Nacional deverá considerar a receita destacadamente, por mês e por estabelecimento, para fins de pagamento, conforme o caso, aplicando a alíquota prevista na:
b) sujeitas à substituição tributária, ou a tributação concentrada em uma única etapa (monofásica), ou, com relação ao ICMS, a antecipação tributária com encerramento de tributação, desconsiderando-se os percentuais dos respectivos tributos, exceto as receitas especificadas na alínea "c";
Fonte: Resolução CGSN 94/2011
Portanto, na venda de produtos monofásicos da tributação do pis e cofins, os percentuais relativos a estes impostos, poderão ser desconsiderados no cálculo do Simples.
Lembrando que, pode desconsiderar os percentuais somente dos produtos com tributação monofásica, para os produtos que tenham redução à alíquota zero, estes devem ser calculados normalmente (sem a exclusão dos percentuais do pis e cofins).
Att.
Adalberto