Imposto Retido por Órgãos Públicos para vendas

Boa tarde !

Trabalho em uma empresa que era sistema Simples e em 2013 será Lucro Presumido, trabalhamos com licitação e de Dezembro ate o momento todas as NFs emitidas para os órgãos públicos estão sendo paga por eles com valor menor, uma média de 5,65% de desconto.

Minha dúvida é: se na NF esta destacado o IPI e ICMS, pq eles estão pagando os boletos com diferença de valor ? Qual o fundamento legal que eles tem para isso acontecer ? Como devemos declarar esses impostos sem pagar em duplicidade ?

Aguardo retorno.
Obrigada

Os órgãos publicos devem descontar na fonte, de todas as compras efetuadas de empresas fora do Simples, do imposto de renda, pis, cofins e contribuição social sobre lucro no total de 5,65%

Você poderá compensar cada retenção de cada tributo devido:
IRPJ 1%
pis 0,65%
cofins 3,00%
CSSL 1,00%

Veja detalhes nas INs 480/2004 e 539/2005