Apenas complementando a resposta do Saulo Heusi, O Per/Dcomp não é utilizado apenas quando há pagamento a maior ou indevido.
Atraves do Per/dcomp pode-se fazer tambem as Restuições, Ressarcimentos e Compensações de impostos e contruições administrados pela RFB.
Portanto se voce tem um bom saldo de imposto ou contruição administrado pela RFB voce pode alem de compensar os debitos deste mesmo imposto devido no mês, como tambem fazer uma declaração de compesação atraves do Per/Dcomp para compensar outros debitos administrados pela RFB.
Por exemplo:
se voce tem 1.000.000,00 de saldo credor acumulado de PIS/Pasep e o valor a recolher do mês 03/2013 foi de 10.000,00, voce compensa este valor de 10.000,00 (dentro do próprio mês, sem fazer procedimento algum no programa Per/Dcomp, informando apenas na DACON) e ainda lhe resta 990.000,00 que voce pode compensar outros impostos federais como IRRF, CSRF e outros.
Segue link da IN 1.300
http://www.receita.fazenda.gov.br/Legislacao/ins/2012/in13002012.htm
Att.